Der Vater, ein Lehrer, fiel 1941 im Krieg. 1945 gelang der Mutter, Herta W., mit ihren drei Kindern die Flucht über die Ostsee nach Schleswig-Holstein.
Von 1949 bis 1957 Besuch der Lauenburgischen Gelehrtenschule in Ratzeburg. Von 1957 bis 1960 Ausbildung als Grafiker an der Kunstschule Alsterdamm in Hamburg. Von 1960 bis 1962 Gebrauchsgrafiker in Freiburg/Breisgau. 1962 Übersiedlung nach Ffm. Chefgrafiker bei der satirischen Zeitung „pardon“. 1966 erschien das erste Buch in Zusammenarbeit mit Robert Gernhardt und F. W. Bernstein (Psd. für: Fritz Weigle). Ab 1966 freier Zeichner und Autor.
Bereits in der Schule, die W. vor dem Abitur verließ, war sein Zeichentalent – vor allem für die Mitschüler – sichtbar, und er erntete mit seinen Zeichnungen Anerkennung. Früh stand für ihn fest, dass er Zeichner werden wollte. Nach der Ausbildung arbeitete er zunächst als Gebrauchsgrafiker; nebenher entstanden erste freie Arbeiten für die Zeitschrift „twen“. Mit der Anstellung als Chefgrafiker bei der satirischen Zeitschrift „pardon“ und dem Umzug nach Ffm. hatte W. das Umfeld gefunden, in dem sein Talent aufblühen konnte. Seit April 1962 arbeitete er für „pardon“, deren Titelsignet, den kleinen Teufel mit Bowler, er für die erste offizielle Ausgabe (September 1962) erfand. In der Redaktion traf er mit Robert Gernhardt und F. W. Bernstein zusammen. Ab 1964 brachten W., Gernhardt und Bernstein in Zusammenarbeit regelmäßig die Doppelseite „Welt im Spiegel“ in dem satirischen Blatt. Die meisten Zeichnungen dafür entstanden in der Gruppe am Kneipentisch. 1966 erschien das erste Buch der drei: „Die Wahrheit über Arnold Hau“. Gleichzeitig kündigte W. und arbeitete von nun an frei. Bald schon erweiterte er seinen Blickwinkel; der Umgang mit seinen drei Söhnen regte ihn an, für sie zu zeichnen und zu schreiben. 1970 kam W.s erstes Kinderbuch, „Der Anti-Struwwelpeter“, heraus. Bereits sein zweites Kinderbuch („Wir können noch viel zusammen machen“, 1973) wurde mit dem Deutschen Jugendbuchpreis in der Sparte Bilderbuch ausgezeichnet (1975). Neben Cartoons für die unterschiedlichsten Zeitungen und Zeitschriften (u. a. als Mitarbeiter des „ZEITmagazins“, seit 1975, und als Mitbegründer und Zeichner von „Titanic“, 1979-91 und ab 2004) schuf W. in der Folge nicht nur gezeichnete Geschichten, sondern zunehmend auch Geschichten für das Theater. Gleich sein erstes Theaterstück „Schule mit Clowns“, uraufgeführt an den Städtischen Bühnen in Ffm. am 1.6.1975, wurde ein Welterfolg. In den folgenden 30 Jahren entstanden mehr als 30 Theaterstücke, wovon u. a. „Pustekuchen“ (Schauspiel Fft., 18.11.1975) und „Kiebich und Dutz“ (Schauspiel Fft. unter der Regie des Autors, 14.2.1979) in Ffm. uraufgeführt wurden. Richteten sich seine Geschichten und Theaterstücke anfangs noch explizit an Kinder, so lassen sich seine Werke ab den späten 1980er Jahren nicht mehr eindeutig einem bestimmten Publikum zuordnen (vgl. etwa den Band „F. K. Waechters Erzähltheater“, Ffm. 1997). So wie W. bald schon das Feld der Satire zu eng geworden war, wurde ihm nun auch der Stempel, ein Autor für Kinder zu sein, nicht mehr gerecht; es entstanden poetische Bilderbücher – auch für Erwachsene (u. a. „Vollmond“, 2005).
Mitbegründer (1984) und Förderer des Vereins „Caricatura“ in Kassel, aus dem das Museum für Komische Kunst in Kassel (1995) und in Ffm. (eingerichtet als eigenständige Abteilung des HMF 2000, eröffnet 2008) hervorgingen. 2000/01 Schulkünstler der Heinrich-Kraft-Schule in Fechenheim.
Weitere Preise und Auszeichnungen: Buxtehuder Bulle (Jugendbuchpreis für die Illustrationen zu „Die grüne Wolke“ von Alexander S. Neill, 1971), Brüder-Grimm-Preis des Landes Berlin (für die Förderung des Kinder- und Jugendtheaters, 1983), Hessischer Kulturpreis (in der Sparte Kunst, 1993), e.o.plauen Preis (als Würdigung des grafischen Schaffens in den Genres Cartoon und Buchillustration, 1995), Deutscher Jugendliteraturpreis (in der Sparte Bilderbuch für „Der rote Wolf“, 1999), Alex-Wedding-Preis der Berliner Akademie der Künste (als Würdigung für herausragende Verdienste in der Kinder- und Jugendliteratur, 2003), Binding-Kulturpreis (zusammen mit F. W. Bernstein, Bernd Eilert, Robert Gernhardt, Peter Knorr,
Chlodwig Poth und Hans Traxler als Hauptvertretern der Neuen Ffter Schule, 2003) und Assitej-Preis (Ehrenpreis für besondere Verdienste um das Kinder- und Jugendtheater in der Bundesrepublik Deutschland, 2005).
Anlässlich des 65. Geburtstags von W. 2002 richtete das Historische Museum Fft. eine große Retrospektive des zeichnerischen Werks aus („Waechter“, 2002/03).
Grab auf dem Ffter Hauptfriedhof (Gewann J 1066).
Verheiratet in erster Ehe (seit 1964) mit Ute W., geb. Geiger (* 1940), in zweiter Ehe (seit 2004) mit Cornelia Volhard-W. (* 1944). Aus der ersten Ehe stammen die drei Söhne, Moritz (* 1964), Robert (* 1965) und Philip (* 1968). Der jüngste, Philip W., lebt als freier Grafiker und Illustrator in Ffm. und ist ebenfalls ein anerkannter Kinderbuchzeichner.
Zeichnerischer Nachlass im „Wilhelm Busch – Deutschen Museum für Karikatur und Zeichenkunst“ (Wilhelm-Busch-Museum) in Hannover. Schriftstellerischer Nachlass im Literaturarchiv der Goethe-Universität in Ffm.
Eine Serie von Zeichnungen mit Objekten in Bäumen vermachte W. der Stadt Ffm. Seit Dezember 2005 wurden diese Werke in Zusammenarbeit mit Philip W. und dem Caricatura Museum nach und nach in der von Robert Gernhardt initiierten Reihe „Komische Kunst im Ffter Grüngürtel“ künstlerisch umgesetzt. Folgende Objekte der „Baumkunst“ sind zu sehen: Nr. 1 – Eule im Norwegerpullover (ursprünglich aus dem Buch „Wahrscheinlich guckt wieder kein Schwein“, 1978, nach W.s Skizze ausgeführt in Holz von Andreas Rohrbach; am Jacobiweiher im Stadtwald, 2005), Nr. 2 – Struwwelpeter (nach W.s Skizze realisiert von Till Hergenhahn; in den Schwanheimer Wiesen, 2006), Nr. 3 – Monsterkinder (nach W.s Skizze ausgeführt in Holz von Andreas Rohrbach; im Schwanheimer Wald, 2006; nach Verwitterung erneuert und um zwei auf insgesamt fünf Monsterkinder ergänzt 2022), Nr. 4 – Pinkelbaum (nach W.s Skizze realisiert von Thomas Anton und Andreas Rohrbach; am Jacobiweiher im Stadtwald, 2006), Nr. 5 – Monsterspecht (nach W.s Skizze ausgeführt in Holz von Andreas Rohrbach; im Oberwald des Stadtwalds in Sachsenhausen, 2006; durch Sturmschaden und Pilzbefall zerstört 2017, an leicht verändertem Standort in der Oberschweinstiegschneise erneuert 2018), Nr. 6 – Der König der Eichhörnchen (nach W.s Skizze ausgeführt in Aluminium von Andreas Rohrbach; nahe dem StadtWaldHaus im Stadtwald in Sachsenhausen, 2007) und Nr. 7 – Die Dicke Raupe (nach W.s Skizze gefertigt in Polyester von Andreas Rohrbach; zunächst am Erlenbruch im Riederwald, 2008, nach zwei Standortwechseln jetzt am Teufelsbruch im Riederwald, 2021).
In der Dauerausstellung des 2008 eröffneten Caricatura Museums Fft. ist Friedrich Karl W. eines der fünf Kabinette für „Die Zeichner der Neuen Ffter Schule“ gewidmet. Zum 70. und zum 75. Geburtstag W.s fanden Gedenkausstellungen und -veranstaltungen in Ffm. statt („F. K. Waechter. Die letzten Zeichnungen“, Ausstellung des Caricatura Museums im HMF, 2007, und „Spuk! Wahnsinn! Teufelswerk!“, Ausstellung der Goethe-Universität im „Fenster zur Stadt“ sowie sechs Aufführungen der Fliegenden Volksbühne, 2012). Weitere Ausstellungen von Werken W.s in Ffm.: „Der rote Wolf“ mit Originalzeichnungen aus dem 1998 erschienenen Bilderbuch (Ffter Bürgerstiftung im Holzhausenschlösschen, 2009), „Friedrich Karl W. Zeichenkunst“ (Museum für Angewandte Kunst in Ffm. als Station der Wanderausstellung des „Wilhelm Busch – Deutschen Museums für Karikatur und Zeichenkunst“, 2011) u. a.
Das von Hans Traxler 2008 geschaffene Denkmal für die Neue Ffter Schule mit dem Elch als deren Wahrzeichen vor dem Caricatura Museum im Leinwandhaus erinnert an W. und sieben weitere Künstler dieser Gruppe.
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