Von 1949 bis 1952 war M. amerikanischer Hochkommissar für Deutschland, eine Position, die er schon 1946 von Roosevelt angeboten bekommen, aber zu diesem Zeitpunkt noch abgelehnt hatte. Am 21.9.1949 nahm das Amt des Amerikanischen Hochkommissars für Deutschland (U. S. High Commissioner for Germany, abgekürzt: HICOG) offiziell seine Arbeit auf und löste damit die Militärregierung [Office of Military Government for Germany (U. S.), abgekürzt: OMGUS] ab. Für den Einsatz als Hochkommissar dürften M., zuletzt (seit 1947) Präsident der Weltbank, seine Erfahrungen in Deutschland während des Ersten Weltkriegs, seine juristische Praxis im Bereich der Spionageaufklärung, seine wirtschaftlichen Beziehungen und vielleicht auch die Verwandtschaft seiner Frau Ellen, geb. Zinsser (1898-1986), mit der Familie von Konrad Adenauer qualifiziert haben. Als Amtssitz wählte M. zunächst Ffm., während er in Bad Homburg wohnte. Im November 1951 verlegte er den Sitz des HICOG nach Bonn. Zusammen mit dem französischen und dem englischen Hochkommissar bildete M. den Rat der Alliierten Hochkommissare. Er betrachtete es als seine Aufgabe, Deutschland wiederaufzubauen und die demokratische Entwicklung zu fördern, um das Land in die internationale Staatengemeinschaft zu integrieren. Er war beteiligt an der Vorbereitung und Ausführung des Marshallplans sowie an der Einbindung der Bundesrepublik in das westliche Verteidigungsbündnis. Nach der Aufhebung des Besatzungsstatuts trat M. 1952 von seinem Amt zurück und übernahm verschiedene Funktionen in den USA, u. a. den Vorsitz der Ford Foundation für Friedensfragen (seit 1953) und den Vorstandsvorsitz der Chase Manhattan Bank (1953-60). Zudem war er Berater mehrerer Präsidenten und einer der sechs „Wise Men“ der USA. Zusammen mit Eric M. Warburg (1900-1990) gründete M. den „American Council on Germany“ und dessen deutsche Schwesterorganisation, die „Atlantik-Brücke“ (1952).
Während seiner Amtszeit in Deutschland förderte M. (durch den „McCloy-Fonds“) viele soziale und kulturelle Einrichtungen, u. a. in Ffm. das
Goethehaus, die Städtischen Bühnen, die Universität, das Institut für Sozialforschung, das Institut für Lehrerbildung, das Studentenheim der Universität, das „Haus der Jugend“, das Jugendherbergswerk, das Gemeinschaftshaus in Sindlingen, das Jüdische Altersheim und die Blutbank.
Zahlreiche Ehrungen, u. a. Ehrenbürgerschaft der Stadt Rothenburg ob der Tauber (1948), Goetheplakette der Stadt Ffm. (1952), Ernennung zum Ehrensenator der Universitäten Ffm. (1952) und Bonn (1952), Ernennung zum Ehrendoktor der Technischen Hochschule Berlin-Charlottenburg (1952) und Ehrenbürgerschaft von Berlin (1985).
Frankfurter Biographie 2 (1996), S. 22f.,
).