Wegen einer Kinderlähmung für den geistlichen Stand bestimmt, trat M. mit 14 Jahren in das Straßburger Franziskanerkloster ein und erhielt als Neunzehnjähriger 1495 die Priesterweihe. Von 1494 bis 1498 Studium in Freiburg (mit dem Abschluss als Magister), danach in Köln, Paris, Rostock, Krakau, Prag und Wien. Seit 1501 wieder in Straßburg, diente er dort seinem Orden als Dozent, Disputationsredner und volkstümlicher Prediger. Literarische Fehde mit dem elsässischen Humanisten Jakob Wimpfeling. 1505 Krönung zum Poeta laureatus durch Kaiser
Maximilian I. 1506 Promotion zum Lizentiaten und Doktor der Theologie in Freiburg. Im gleichen Jahr Teilnahme am Generalkapitel des Ordens in Rom. 1508 als Lesemeister in Freiburg, 1509 in Bern, 1510 als Guardian in Speyer.
Zwischen 1510 und 1513 wirkte M. als Lesemeister und Prediger in Ffm. Auf seinen Ffter Predigten, die er jeden Sonntag, in der Fastenzeit und im Advent täglich hielt, basieren – nach eigener Aussage – seine satirischen Hauptwerke „Narrenbeschwörung“ und „Schelmenzunft“, beide 1512 erschienen. Darin lässt M., wie vor ihm Sebastian Brant in seinem „Narrenschiff“, jedoch populärer und weniger artifiziell als dieser, die Narren aller Stände eine Vielzahl von menschlichen Torheiten darstellen, die ihnen mit einer Art von Exorzismus ausgetrieben werden. In seiner Schrift „Arma patientiae“ (Ffm. 1511) rückt M. das Programm seiner Adventspredigten des Jahres 1511 über die Geduld ein und definiert die Aufgaben eines Predigers aus seiner Sicht: Mit gelehrten Vorträgen sei es nicht getan, daher genüge es, wenn in einer Stadt ein gelehrter Prediger sei; ein Volksprediger jedoch müsse belehren, unterhalten und auf Besserung dringen; verdorbene Ohren müsse man mit gesalzenen Predigten zum Aufhorchen bringen. M.s Bruder Beat M. aus Straßburg betrieb von 1511 bis 1512 die erste Druckerei in Ffm. (neun Drucke, davon acht mit Werken seines Bruders, darunter die „Schelmenzunft“). Nach drei Jahren Predigttätigkeit in Ffm. kehrte M. als Guardian in seinen Straßburger Heimatkonvent zurück, wo er jedoch nicht lange blieb.
M. führte ein rastloses und unstetes Leben, das von vielen Streitigkeiten begleitet war. Während seiner zahlreichen Stationen als Dozent und Lesemeister benutzte er von ihm selbst erfundene didaktische Kartenspiele zu mnemotechnischen Zwecken. 1518 Studium an der juristischen Fakultät der Universität Basel, abgeschlossen mit der Promotion zum Doktor beider Rechte (1519). M.s letzter Lebensabschnitt (ab 1520) war geprägt von seiner polemischen Auseinandersetzung mit
Luther und der Reformation, die seinen Nachruhm überschattete. Seit 1529/30 wirkte M. als Seelsorger in seiner Geburtsstadt Oberehnheim (frz. Obernai), wo er 1537 im Alter von 62 Jahren starb.
M. war einer der produktivsten, aber auch umstrittensten Humanisten seiner Zeit. Er gehört zu den bedeutendsten Satirikern des 16. Jahrhunderts. Insgesamt sind mehr als 70 Werke von ihm, darunter theologische, juristische, historische, astrologische und didaktische Abhandlungen sowie viele Streitschriften und Übersetzungen (u. a. aus dem Lateinischen und dem Hebräischen), überliefert.
Die UB Ffm. erwarb 2020 das von M. verfasste Lehrbuch „Ludus studentum Friburgensium“ für lateinische Prosodie und Metrik, das in der Druckerei von Beat(us) M. 1511 in Ffm. hergestellt wurde und als das allererste in Ffm. gedruckte Buch gilt.
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